El templo de San Felipe de Jesús fue construido en un lugar que tenía fama desde la época prehispánica, ya que ahí se encontraba el gran zoológico de Moctezuma. A la llegada de los españoles, los franciscanos eligieron este terreno para fundar su iglesia y convento. En donde estaba el templo principal de San Francisco se levantó también la capilla de los Servitas, el templo de San José de los Naturales, el primer templo para indígenas, la capilla de Nuestra Señora de Aránzazu, la de Balvanera, la de la Tercera Orden, la de la Inmaculada y la de San Antonio.
Por ser el Templo Expiatorio Nacional de la República, es un centro de profunda espiritualidad eucarística y lugar de peregrinación y referencia para la Iglesia mexicana. Se caracteriza por la adoración al Santísimo las 24 horas del día, todo el año, por sus numerosas eucaristías y por la atención en el confesionario. También es lugar de peregrinación por encontrarse en el Templo los restos mortales del Venerable Félix de Jesús Rougier, MSpS, fundador de nuestra Congregación.
El templo se construyó en el sitio en el que estuvo la capilla de Nuestra Señora de Aránzazu
El padre Plancarte encomendó el templo a los Padres Operarios Diocesanos.
El arquitecto Jaime Ortíz Lajous, realizó diversos trabajos en este monumento.
